Из поздних представителей рода Борджиа следует упомянуть Джованни Борджиа, которого называли «римским инфантом», и Франциска Борджиа, генерала ордена иезуитов , который прославился как святой Франциск Боргий.
Джованни
Джованни родился в Риме в 1498 году. Его происхождение неизвестно. Он мог быть сыном Александра VI или Чезаре. Сам папа римский издал на этот счет противоречащие друг другу официальные документы. Любопытно, что в обоих случаях неизвестной матерью инфанта, по слухам, являлась Джулия Фарнезе, аристократка, одновременно любовница и Александра VI, и Чезаре. Сама она никогда не интересовалась Джованни, в отличие от Лукреции Борджиа. Это и послужило основанием для сплетен, будто римский инфант - сын Лукреции, зачатый от папского камердинера Перотто Кальдерона. Он был убит Чезаре в начале 1498 года, а причиной послужил, якобы, как раз роман с Лукрецией, открывшийся из-за ее очевидной беременности.
Получив от папы титул герцога Непии и Камерино, Джованни после краха Борджиа лишился его, будучи нескольких лет от роду. Несмотря на протекцию Лукреции, он не сделал карьеры ни во Флоренции, ни во Франции, ни в Риме, везде проявляя типичный характер Борджиа - злой и вспыльчивый. Умер Джованни, забытый всеми, между 1547 и 1549 годами.
Франциск
Напротив, поистине незаурядной личностью был Франциск Борджиа, правнук Александра VI и внук, убитого в 1497 году, Джованни (Хуана), герцога Гандии. Франциск сделал светскую карьеру, но после смерти жены (которая родила ему восьмерых детей) отказался от имущества и карьеры, вступив в новый, в те времена, орден иезуитов. Причиной для этого шага, вероятно, послужило потрясение, пережитое в связи со смертью римской правительницы и королевы Испании Изабеллы, траурную процессию, в честь которой он организовал в 1539 году. Перемены, произошедшие с телом красивой при жизни правительницы, вероятно, напомнили ему о скоротечности земных дел.
Несмотря на встреченное, поначалу, сопротивление, он принял высокий сан в ордене, третьим генералом которого стал в 1565 году. Он немало сделал для развития ордена, возглавлял движение Контрреформации, содействовал организации антитурецкой коалиции, которая в 1571 году одержала победу в морском сражении при Лепанто. Франциск, оставивший после себя философские сочинения, в 1670 году был канонизирован как святой римско-католической церкви.